Dr. Arindams Gataks no Vīnes Universitātes ir veicis Desiree kartupeļu šķirnes augstas caurlaidības proteomikas profilēšanu, lai iegūtu objektīvu visaptverošu priekšstatu par izmaiņām kartupeļu proteomā (visu klātesošo proteīnu summa), reaģējot uz dažādām stresa situācijām.
Augi tika kultivēti izmēģinājuma eksperimentā Čehijas Republikā bāzētajā PSI, kas ir projekta partneris.
Visas olbaltumvielas tika izolētas un iepriekš frakcionētas šai sarežģītajai pārbaudei, pirms tās tika sagremotas un pakļautas masas spektrometrijai, kas ļauj noteikt simtiem dažādu proteīnu vienā paraugā un papildus kvantitatīvi noteikt to pārpilnību. Pēc tam savākto datu analīzei tika izmantota programmatūra Proteome Discoverer (Thermo, Vācija). Olbaltumvielas tika identificētas, izmantojot Solanum iekšējo kurēto datubāzi (ģenerēja NIB institūts, Ļubļana, Slovēnija).
No 1. ražas (vienu dienu pēc stresa) un 3. ražas kopumā tika atrasts 10341 proteīns (8 dienas pēc stresa). 1. ražas laikā tika novērots vislielākā proteomu modulācija, kad tika novērots ūdens aizsērēšanas stress. Šeit olbaltumvielas, kas iesaistītas signalizācijā, lipīdu metabolismā un RNS saistīšanā, uzrādīja lielāku aktivitāti, salīdzinot ar kontrolēm. Līdzīgi karstuma stresa laikā, salīdzinot ar kontrolēm, tika palielināts fotosintēzē un sekundārajā metabolismā iesaistītās olbaltumvielas, atklājot proteomas stresa reakcijas mehānismu.
Saskaņā ar 1. ražu, 3. raža arī parādīja, ka ūdens aizsērēšanas stress, karstums un karstuma un sausuma kopējā ietekme bija spriedzes, kas noteica spēcīgāko proteomu regulējumu. Salīdzinot ar kontrolēm un citiem spriegumiem, 14-3-3 signalizācija tika paaugstināta ūdens aizsērēšanas stresa laikā, kas ietekmē proteīnus, kas klasificēti kā enerģijas metabolisma funkcionālās kategorijas.
"Pamatojoties uz provizorisko identifikāciju, ūdens aizsērēšana un karstuma stress parādīja visspēcīgāko regulējumu proteomu līmenī, salīdzinot ar citiem spriegumiem. Tomēr būs interesanti aplūkot atveseļošanās fāzes proteomu salīdzinājumā ar citiem ražas novākšanas laika punktiem, īpaši sausuma stresa laikā. Notiek plašāka datu ieguve, lai iegūtu padziļinātu informāciju par augu stresa reakcijas mehānismiem un atveseļošanās fāzi kartupeļu šķirnē Desiree,” raksta zinātnieki.
Apvārsnis 2020 ES projekta Accelerated Development of Multi-Stress tolerAnt PoTato (ADAPT), kurā piedalās Europatat, mērķis ir izstrādāt jaunas stratēģijas, lai padarītu kartupeļus piemērotus nākotnes izaicinošajiem audzēšanas apstākļiem.
Viens no galvenajiem projekta mērķiem ir izpētīt kartupeļu morfoloģiskās, fizioloģiskās, bioķīmiskās un molekulārās izmaiņas, reaģējot uz vienreizēju un kombinētu karstuma, sausuma un ūdens aizsērēšanas stresu, izmantojot augstas caurlaidības fenotipēšanas un OMICS tehnoloģijas (genomika, transkriptomika, proteomika vai metabolomika).